Сообщение "Keeping entity minecraft:xxxx that already exists with UUID xxxx" может часто появляться при использовании старых миров. Несмотря на наличие бага в трекере проблем, официального исправления до сих пор не выпущено. Данная проблема приводит к захламлению логов и консоли сервера.
DEUF - Duplicate Entity UUID Fix